2006年11月8日，日本農林水產部、厚生勞動部發表聲明，日本進口的美國牛肉中查出了9公斤含有胸腺的牛肉。而根據日本的規定，含有胸腺的牛肉是禁止出口到日本的。雖然胸腺并不是BSE（瘋牛病）的危險部位，但是日本決定暫時停止進口美國最大的肉食加工公司——SWIFT公司位于科羅拉多州的工廠出產的牛肉。日本在2006年7月27日對美國進口牛肉解禁，但是剛剛3個多月后又再次發生了這場風波。對此，日本一方強烈譴責美國一方的管理不夠完善。正在巴黎進行訪問的日本農林水產大臣松岡對美國的出口管理體制表示了強烈的批評，他表示“希望美國一方能夠對出口牛肉進行更加嚴格的管理。美方應對出產此次含有胸腺牛肉的工廠進行嚴格調查，確保工廠的安全性。”

    日本曾是美國牛肉的第一大國外市場，每年進口的美國牛肉總值高達14億美元。但是在2003年底美國發現了境內的第一例瘋牛病之后，日本隨即禁止進口美國牛肉，理由是美國沒有像日本那樣對所有進入市場的食用牛進行瘋牛病感染檢查。2005年12月日本政府決定有條件地恢復進口美國牛肉，日本進口的牛肉必須具備以下條件：必須是20個月以內大的牛，牛肉必須剔除腦、脊髓等危險部位；美國從事肉食生產和屠宰處理的農戶和廠商以及從事牛肉進出口業務的公司必須得到政府的認可。日本農林水產省將隨時抽查牛肉出口企業是否嚴格執行出口條件。然而在此一個月之后，2006年1月20日,因為發現從美國進口的牛肉中混有脊柱等瘋牛病病原體容易聚積的危險部位,日本政府立即宣布全面停止進口來自美國的牛肉。