各級農業部門在長效機制建設等方面開展了一系列卓有成效的工作。抓緊完善修訂《農藥管理條例》和《飼料及飼料添加劑管理條例》等有關法規；制定《生鮮乳收購站標準化管理技術規范》、《產地水產品質量安全監督抽查工作暫行規定》和《無公害農產品質量安全風險管理規范》等規范性文件，使相應工作有章可循。監管機構逐步強化。據統計，目前已有15個省級農業部門成立了專門的質量安全監管機構，還有18個農業部門向省政府有關部門提出申請，準備在2009年內成立專門的省級農產品質量安全監管機構。完善例行監測制度。今年擴大了例行監測范圍、品種和參數，監測品種從4類增加到10類，監測參數從30種增加到68種，監測范圍從36個直轄市、計劃單列市和省會城市增加到138個主要大中城市。加強質檢體系建設。落實中央預算擴大內需投資13億元，重點建設25個部級專業中心、7個部級區域中心、19個省級綜合中心和402個縣級質檢站，全面提升和加強了各級農產品質檢機構的檢測能力和檢測水平。

    為落實屬地責任，推動專項整治深入開展，農業部組織督導組赴9個省（市）開展綜合督查；種植、畜牧、獸醫、漁業等單位先后派出15個專項督查組，赴30個省（區、市）開展專業督導，檢查指導各地農產品質量安全專項整治工作。各省（區、市）農業部門負責人也親自帶隊赴基層督查，推進農產品專項整治工作全面向縣鄉和生產基地延伸。

    在整治活動中，各地摸索出了一些好經驗、好做法。在農產品標準化生產方面，山東省將瓜菜果茶食用菌作為今后3-5年農產品質量安全監管的重點，以縣域為單位，從基地入手，在全省推進標準化生產。在全程質量控制方面，浙江省仙居縣以提高農產品質量安全水平和市場競爭力為核心，全面建立“產地準出，市場準入，標志溯源，實時監控，消費安全”的農產品質量安全監管新模式，實現對全縣農產品質量安全的網絡化同步監控。在重點產品監管方面，河南省組織開展全省畜產品質量安全市場準入工作，要求全部省轄市屠宰廠一律開展“瘦肉精”監測。遼寧省畜牧獸醫部門將“瘦肉精”整治與檢疫工作結合，加強生豬、肉牛經紀人監管，規范執法程序，加大查處力度。在基層監管服務體系建設方面，壽光市專門成立了農產品質量安全領導小組，所有鄉鎮都單獨成立了農產品質量安全監管辦公室，與執法大隊、檢測中心三塊牌子、一套人馬，集管理、執法、檢測、服務于一體，強化了基層農產品質量安全監管服務力量。此外，各地堅持邊整治、邊總結、邊規范，在長效機制建設上下功夫。四川、河南等省建立了農產品生產記錄管理制度和產品準出制度。江蘇、上海等省市建立了食用農產品流通全程信息追溯系統。