新疆畜牧總站是在原自治區畜禽繁育改良總站的基礎上成立的，迄今已有34年歷史。

    成立后的新疆畜牧總站將不再是一個以生產家畜凍精為主，以品種改良、技術推廣和種畜禽管理為輔的單位，而是一個以種畜禽管理、遺傳資源保護利用、畜禽良種和技術推廣、良繁體系建設、冷鏈體系建設等職能為主的公益性行業管理和技術服務機構。它的成立將有利于提升和完善自治區級畜牧技術支撐體系，有利于新疆與全國畜牧總站業務對接。