乙醇汽油在市場上之所以難以推行的深層原因是高成本。國家指定車用乙醇汽油中石油和中石化兩大公司負責供應。據了解，生產1噸乙醇的成本是4800元，但是按國家規定只能以每噸3000多元的價格賣給中石化，也就是說，每賣1噸乙醇要虧損1000多元。目前這部分損失由國家給予補貼，即使這樣，對中石油和中石化而言，銷售乙醇汽油的利潤仍然少于普通汽油。

    分析認為，從目前我國乙醇汽油采取封閉試點的做法可以看出，目前推廣車用乙醇汽油采取的是行政手段而不是市場調節。由于缺乏相應的市場手段和財稅政策的支持，大范圍推廣乙醇汽油必將導致政策與市場的一場艱難博弈。車用乙醇汽油的順利推廣，必須要有相應的財政、稅收、補貼等配套政策，也需要生產企業大幅度降低成本。據悉，目前國內變性燃料乙醇產能已經達到了36萬噸，每年可以調配300多萬噸的車用乙醇汽油。在建的產能還有120多萬噸，如果全部投產的話，意味著需要全國十幾個省市同時使用車用乙醇汽油。但是分析員認為在車用乙醇汽油使用范圍沒有擴展到足夠大的情況下，各省市不能急于上馬燃料乙醇生產項目，因為這些產能有可能閑置，同時也可能給國家帶來巨額的財政補貼壓力。政策與市場博弈的結果將在很大程度上決定乙醇汽油推廣的前途。