2006年5月18日02時15分，今年第1號臺風“珍珠”在廣東省饒平市登陸，隨后迅速穿越漳州市。這次臺風范圍廣、風力強、雨量多、持續時間長、影響大，為漳州有氣象記錄以來60年一遇，屬歷史同期所罕見。其中東山縣風速達37.6米/秒，相當于風力13級，詔安縣、云霄縣風速達30.0米/秒，相當于風力11級。受珍珠臺風的影響，全市17-18日出現大范圍連續2天的大暴雨或特大暴雨天氣，臺風過程雨量大部分地區達到400毫米以上，部分地區甚至超過600毫米，給該市帶來嚴重災害。

    強臺風帶來的狂風暴雨給該市漁業造成了慘重的損失。據初步統計，截止5月19日8：00，全市漁業直接經濟損失高達12.3億元。

    全市有917艘漁船因大風造成碰撞、沖灘、脫錨而損毀（其中沉沒85艘），損失2854.8萬元；東山、漳浦等沿海縣市有2290米漁港碼頭堤岸被浪打垮、損壞，損失1780萬元。

    水產養殖業損失尤為慘重，受災面積達29.37萬畝，損失達10.5億元。主要有：102040畝蝦蟹養殖池被淹、損失4.4 億元，尤其是龍海市東泗鄉，6460畝南美白對蝦池全軍覆沒，近2000戶養殖戶受災，經濟損失超過8000萬元；沿海29835口養殖網箱被風浪打垮、散架、破網，網箱內養殖的石斑魚、牙鲆、東方鲀等名貴魚類以及真鯛、美國紅魚等經濟魚類約7000余噸流入大海，共損失2.27億元；海上吊養牡蠣樁被拔起，干繩、支繩斷裂，造成44250畝養殖牡蠣受損，損失達1.19億元；海上鮑魚吊養因干繩、支繩斷裂，850萬粒鮑魚散落海里，造成損失4345萬元；433家陸上鮑魚工廠化養殖場不同程度受損，損失5100萬元；因短時間內大量雨水沖入海中，使海區鹽度大幅下降，造成77500畝淺海底播養殖的貝殼類死亡，損失1.19億元。全市有69860畝海、淡水魚類養殖場設施被毀，池塘被淹，1萬余噸養殖魚類被沖走，共損失1.75億元；有224家水產育苗場圍墻被沖倒，養殖池被沖垮，養殖苗種被沖走或死亡，共損失3229萬元；58家養鰻場被水淹沒，養殖設施受損，養殖的鰻魚被沖走，損失709萬元。