云南省有著4061公里的漫長邊境線，獨特的地理區位、氣候特點注定了它也是一個微生物、病毒王國，疫病傳入風險大。由該省動物疫病預防控制中心與成都軍區疾病預防控制中心軍事醫學研究所、云南農業大學動物科技學院、云南省畜牧獸醫科學院共同參與的該項目，自2004年初開始構建，目前處于全國領先水平。

    體系以邊境沿線地區、水網地區、養禽業密集區以及候鳥遷徙沿線地區的346個監測點為基礎，11個動物疫情測報站和19個邊境動物疫情監測站為網絡，州市動物疫病預防控制機構為樞紐，省動物疫病預防控制中心為平臺。

    監測預警體系在應對甲型H1N1流感防控中，通過所建立的預警體系，對2100多萬頭生豬進行了臨床觀察，未發現疑似病例，從2004年以來，對3752份豬鼻腔棉拭子樣品進行了甲型流感病毒核酸監測，所有樣品均為陰性。