實施轉基因食品標識的相關可操作性細則要進一步完善《農業轉基因生物安全管理條例》雖然實施一年了，各職能部門各司其職，加大了市場的監管力度，但現在市場實際情況反響不一，消費者對轉基因食品敬而遠之，生產銷售單位由此產生疑慮而不愿標識，倒是非轉基因食品的標識時常出現。針對這些情況，一方面要加大宣傳力度，正確認識和對待轉基因食品，讓消費者享有知情權和選擇權；另一方面要加強相關實施細則的制訂，解決標識實施的規則和市場監督管理的辦法，確保該條例的有效實施。
執法的主體與協作部門有待進一步理順轉基因食品的進口、銷售和監管涉及農業、檢驗檢疫、商務和質監、衛生等多部門，雖然《條例》中明確了農業部負責全國農業轉基因生物標識的審定和監督管理工作，縣級以上地方人民政府農業行政主管部門負責本行政區域內的農業轉基因生物標識的監督管理工作，國家質檢總局負責進口農業轉基因生物在口岸的標識檢查驗證工作。但監督管理主要環節在于流通領域，而市場監管僅靠農林幾個部門，可能力量不夠，轉基因食品標記與食品標簽也有關聯，但食品標簽的職能部門不是農林部門，檢驗檢疫部門對進口預包裝的食品的標記可以有效控制，但對非預包裝轉基因產品就力不從心。要改變目前轉基因生物標識的被動局面，首先要進一步明確執法主體，建立相關職能部門協調合作的機制。
要掌握轉基因標識的市場實情，有必要作一次普查雖然國家定期公布實施標識管理的農業轉基因生物目錄，但進口的轉基因食品只有是預包裝的食品經進境檢驗時才能監管和標識，如果不是預包裝的食品，進口后重新包裝和加工，進入流通領域，就很難進一步規范；基層相關職能部門對變化的市場心中沒譜，要掌握轉基因標識的市場實情，有必要作一次全面的調查，只有了解轉基因食品的品種、進口來源、包裝和加工后出現的新形式這些實際情況，才能研究實施對策。
建立轉基因植物安全性評估中心和相關技術體系，為轉基因食品安全性研究提供科學依據，為轉基因食品標識的監管提供技術支撐我國已建立了轉基因植物安全評估制度，各相關部門都開展了轉基因產品的研究，檢驗檢疫系統加強了進口轉基因產品的檢測和監管，但轉基因植物安全評估和相關技術的研究要形成完整的體系有待進一步提高。雖然我國已實施了轉基因植物安全性評估辦法，但當今轉基因食品已日趨增多，國外轉基因產品及含轉基因成份的產品不斷進入我國市場，安全開發、安全性評估、檢測研究工作必須進一步加強；另一方面，實施轉基因食品的標識必須加強市場監管，這就涉及到轉基因食品的正確識別和快速檢測，特別是在基層，如果缺少有效快速檢測的方法，市場監管難度較大。因此要使轉基因食品的發展走上健康安全的道路，建立轉基因植物安全性評估中心和相關技術體系勢在必行。
