加強對轉基因食品安全管理的核心和基礎是安全性評價。目前國際上對轉基因食品安全評價遵循以科學為基礎、個案分析、實質等同性和逐步完善的原則。安全評價的主要內容包括毒性、過敏性、營養成分、抗營養因子、標記基因轉移和非期望效應等。在“973”、“863”等科技計劃中，我國科學家將以水稻、魚等為對象，重點研究轉基因食品對人體健康影響的預測毒理學和建立食物過敏人群血清庫等關鍵科學問題。

    食品安全是一個相對和動態的概念，沒有一種食品是百分之百安全的。隨著科學技術和社會進步，人們對食品安全很自然地提出了更高的要求。同時，食品不僅是營養和能量的來源，還是文化和傳統的標志，也是經濟貿易的支柱。在轉基因食品展現光明前景的21世紀，根據國際發展趨勢，綜合科技、貿易等多方面因素，制定適合我國國情的轉基因食品產業發展和安全管理辦法，加強食品安全的科學技術研究，將有利于我國食品生物技術產業的健康發展，在新世紀的國際競爭中占據主動。

    通常人們認為傳統食品是安全的，但隨著新技術在食品生產中的不斷應用，食品安全的風險也越來越大，相當多的食品安全風險的實質是科學應用的風險，這種風險只有通過科學的手段才能加以識別和控制。

    安全性評價包括轉基因食品與傳統對應物的比較，集中于異同點的測定。對整個轉基因食品的安全評價牞既要考慮期望效應，又要考慮非期望效應。若新的或改變的危害，營養或安全問題被確定，要分析確定對人類健康的關系。傳統上講，新種類的食用植物在上市前并未系統地對其進行廣泛的化學、毒理學和營養學方面的評估（除非這些食物可能作為膳食的基本組成應用于特殊的人群，如嬰兒），對于諸如食品添加劑或可能在食物中殘留的農藥要進行典型的嚴格的安全性評價。

    實質等同性概念

    由于很難將傳統的毒理學實驗和危險性評價步驟應用于整個食物，因此包括重組DNA植物在內的食用植物的安全性評價需要一個更加有針對性的方案。目前已提出，運用實質等同性概念來形成一個多學科的方法用于安全性評價，并考慮到可能產生的預期和非預期變化。

    實質等同性概念是安全性評價過程中的關鍵步驟。但實質等同本身并不是安全性評價，而是構建新食品相對于其傳統對應物的安全性評價這一框架的起點。這一概念被用來鑒別新食品和其傳統認為是重組DNA植物食品安全性評價的最適當策略。通過這種方式進行安全性評價并不意味著新產品的絕對安全，它更注重針對于任何確定的差異方面的安全性進行評價，因此新食品相對于傳統對應物的安全性就可得到考慮。