據(jù)工程依托單位中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院副院長劉旭介紹，工程投入使用以來查明了我國作物種質(zhì)資源分布規(guī)律和富集程度，創(chuàng)建了世界上唯一的長期庫、復(fù)份庫、中期庫、種質(zhì)圃相配套的種質(zhì)資源保存技術(shù)體系，長期安全保存種質(zhì)資源４０萬份，建立了農(nóng)作物種質(zhì)資源技術(shù)規(guī)范體系，鑒定評選優(yōu)異種質(zhì)３０００份，育成新品種６５８個，累計推廣４２．７億畝，使我國種質(zhì)資源研究躋身世界前列。

    這項工程還在國際上首創(chuàng)矮敗小麥及其高效育種方法，實現(xiàn)了育種家多出、快出和出好品種的愿望，推動了小麥育種的革命。目前已育成新品種４２個，推廣１．８５億畝。矮敗小麥及其高效育種方法是小麥育種方法的重大創(chuàng)新，是繼雜交水稻之后我國農(nóng)業(yè)領(lǐng)域又一原創(chuàng)性重大科技成果。

    在大豆方面，培育出高產(chǎn)高蛋白廣適應(yīng)大豆品種“中黃１３”，推廣面積連續(xù)３年突破１０００萬畝，居全國第一位，是近１５年來全國唯一年推廣面積超千萬畝的大豆品種；培育出高產(chǎn)高油廣適應(yīng)大豆品種“中黃３５”，２００９年新疆大面積畝產(chǎn)３６４．６８公斤，小面積畝產(chǎn)達４０２．５公斤，創(chuàng)全國大豆單產(chǎn)最高紀(jì)錄。

    在棉花方面，研制了具有自主知識產(chǎn)權(quán)的棉花抗蟲基因，培育了２２０個轉(zhuǎn)基因抗蟲棉品種，累計推廣３．３億畝，使國產(chǎn)轉(zhuǎn)基因抗蟲棉占全國抗蟲棉市場的９３％以上，累計減少農(nóng)藥使用１．６５億公斤，實現(xiàn)社會經(jīng)濟效益４６２億元。

    在玉米方面，轉(zhuǎn)植酸酶基因玉米研究導(dǎo)入了我國自行克隆的植酸酶基因，２００９年獲得生產(chǎn)應(yīng)用的安全證書，這是世界第一例獲得生產(chǎn)應(yīng)用許可的轉(zhuǎn)植酸酶基因玉米，對提高我國玉米種業(yè)國際競爭力、促進飼料及養(yǎng)殖業(yè)的可持續(xù)發(fā)展將產(chǎn)生重大影響。