雞種蛋的整個孵化期中，雞胚胎的死亡有兩個高峰期:一是在孵化前期，即入孵第4-5天；二是孵化后期，即入孵第18-20天。尤其在后期死亡率更高。第一個死亡高峰期正是胚胎生長迅速、形態變化顯著的時期，胚胎對外界環境的變化很敏感，稍有不適則易造成胚胎的死亡。第二個時期胚胎正轉入肺呼吸時期，生理變化劇烈，需氧量增加，胚胎溫度增高，若通風換氣不良，散熱不好，則易造成胚胎死亡。如死亡比例較大，則應分析原因，及時解決。
影響胚胎發育有內部和外部原因，包括種蛋的內部品質、種蛋保存和孵化條件。
前期死亡過高主要是種蛋品質不良，它又決定于種雞的營養水平和健康狀況。如種雞飼糧缺乏維生素A、維生素B2，種雞患病等；種蛋保存時間過長，保存條件不當；孵化溫度過高，翻蛋不夠等。
中期死亡除了種雞飼糧不完善、種蛋管理不良外，主要由于孵化條件不當所致。如孵化溫度過高、通風不良等；翻蛋不當，造成胚胎粘連，胎膜發育不良。
后期死亡過高同樣是由內部和外部因素造成，孵化條件特別是孵化溫度高影響更為嚴重，而孵化溫度低則造成胚胎極度衰弱，通風不良則易造成胚胎的窒息。出雛時高溫高濕且通風不良，易使胚胎呈畸形，生活力降低，啄殼無力，導致死亡。通過照蛋、轉盤、出雛和清理死胎等各個環節的工作檢查，分析胚胎死亡的原因。
孵化不良原因分析見下表：
| 原因 | 頭照 | 二照 | 死胎 | 初生雛 |
|---|---|---|---|---|
| 維生素A缺乏 | 無精蛋多，死胎率高 | 腎臟器官有鹽類沉淀物，眼睛腫脹 | 帶眼病的弱雛多 | |
| 維生素D缺乏 | 死胎率略有提高 | 死亡率顯著提高 | 胚胎有營養不良的特征 | 出殼拖延，初生雛軟弱 |
| 核黃素缺乏 | — | 死亡率增高，蛋重損失少 | 雛雞腳和頸麻痹，絨毛卷起 | |
| 前期過熱 | 發育不好，有充血、溢血和異位現象 | 異位，心、腎和肝變形 | 異位，心、腎和肝變形 | 出殼早 |
| 后半期長時間過熱 | — | 啄殼較早 | 很多胚胎破殼后死亡，蛋黃未吸收，腸和心臟充血，心臟縮小 | 出殼較早，但拖延時間較長，雛雞小，絨毛粘著，臍帶愈合不良 |
| 溫度不足 | 生長發育非常遲緩 | 生長發育非常遲緩，氣室邊界齊平 | 尿囊充血，心臟肥大，腸內充滿蛋黃和糞 | 出殼晚而拖延，幼雛不活潑，腳站立不穩，腹大有時下痢 |
| 濕度過大 | — | 氣室邊界齊平，蛋重損失少，氣室小 | 啄殼時喙粘在蛋殼上，嗉囊、胃和腸充滿液體 | 出殼晚而拖延，絨毛粘連，腹大 |
| 濕度不足 | 死亡率高，充血并粘連蛋殼上 | — | 外殼膜干而結實，絨毛干燥 | 出殼早，絨毛干燥，發黃，有時粘殼 |
| 通風不良 | 死亡率增高 | 在羊水中有血液，內臟氣管充血及溢血 | 在蛋的銳端啄殼 | — |
| 翻蛋不正常 | 蛋黃粘于蛋膜上 | 再尿囊之外有剩余的蛋白 | — |
