一是加強對獸藥生產的管理。將獸藥生產許可證的審批權由省級畜牧獸醫行政管理部門上收到農業部，明確獸藥產品批準文號由農業部統一核發，同時取消獸藥行業標準和地方標準，只保留獸藥國家標準，并刪去了獸醫醫療單位可以配制獸藥制劑的規定，以確保獸藥質量，防止出現地區封鎖和行業壟斷。

　　二是進一步規范了獸藥進出品管理程序。

　　三是根據防治動物疫病的需要，加強對獸用生物制品的管理。

　　四是強化監督措施，規范執法程序。《條例》進一步細化了動物及動物產品殘留臨近制度，明確縣級以上人民政府獸醫行政管理部門負責組織對動物產品中獸藥殘留量的檢測，檢測結果由農業部或者省級人民政府獸醫行政管理部門公布，當事人有異議的，可以在收到檢測結果之日起7個工作日內身組織檢測的獸醫行政管理部門或者其上級獸醫行政管理部門申請復檢。為規范行政管理權的先例，確保獸醫行政管理部門有效實施獸藥監管，《條例》取消了獸藥監督員制度，并對行政強制措施的決定和解除程序、假獸藥和省獸藥的信定標準等問題作了更切實可行的規定。

　　同時新增了以下制度：

　　一、確立了對獸藥實行處方藥和非處方藥分類管理的原則。

　　二、建立了新獸藥研制管理和安全監測制度。

　　三、規定了獸藥生產、經營質量管理規范制度，要求獸藥生產、經營企業嚴格按照獸藥質量管理規范組織生產和經營/獸藥生產企業所需的原料、輔料和獸藥的包裝應當符合國家標準或者獸藥質量要求；獸藥出堿應當經質量檢驗合格，并附具內容完整的標簽或說明書；獸藥經營企業應當建立購銷記錄，購進獸藥應當做到獸藥產品與標簽或說明書、產品質量合格證核對無誤，銷售獸藥應當向購買乾說明獸藥的功能、主治、用法、用量和注意事項。

　　四、建立用藥記錄制度、休藥期制度和獸藥不良反應報告制度，確保動物產品質量安全，維護人民身體健康。《條例》要求獸藥使用單位遵守獸藥安全使用規定并建立用藥記錄，不得使用假、劣獸藥以及農業部規定的禁用藥品和其他化合物，不得在飼料和動物飲用水中添加激素類藥品和其他禁用藥品；有休藥期規定的獸藥用于食用動物時，飼養者應當向購買者或者屠宰者提供準確、真實的家長藥記錄，購買者或者是屠宰者應當克保動物及其產品在用藥期、本藥期內不用于食品消費；禁止銷售含有違禁藥物或者獸藥殘留量超標的食用動物產品。獸藥生產、經營企業、獸藥使用單位和開具處方的獸醫人員發現可能與獸使用有關的嚴重不良反應時，應當立即向當地人民政府畜牧獸醫行政管理部門報告。