一是推進了防疫意識增強我國禽流感疫情頻發充分暴露出家禽業動物防疫意識淡薄，特別是那些小規模分散飼養戶對動物疫病的防控，缺乏足夠的認識與重視，不僅不注意采取防控措施，而且亂扔死雞死鴨以及吃死雞死鴨的現象普遍，導致禽流感疫情發生與傳播。禽流感使這些小規模分散飼養戶深刻反思自己的動物防疫意識是否適應防控動物疫病的要求，是否掌握防控禽流感等動物疫病的知識與技術，認真檢查飼養條件與飼養管理是否符合動物防疫的規定，各項動物防疫措施是否確實到位，對發現的問題積極進行整改，消除隱患，確保自身和周圍家禽飼養的安全。
二是推進了防疫體系建設建國以來，我國動物防疫體系幾乎一直處于改革之中。在多數情況下，改革都沒有脫離“脫鉤”、“斷奶”或“下放”的怪圈，破壞了動物防疫體系，削弱了動物防疫能力。禽流感暴發充分暴露了我國動物防疫體系的薄弱，整個行業深刻認識到完善動物防疫體系的重要性和必要性，推進了動物防疫體系建設的步伐。2005年下半年，新疆接連發生了9起禽流感疫情，自治區黨委和政府進行了深刻的理性思考。11月26日，新疆召開了動物防疫體系建設暨獸醫管理體制改革工作會議，提出五個方面改革：一是健全獸醫行政管理機構；二是整合、歸并現有動物防疫、檢疫、監督機構及其行政執法職能；三是在自治區和地州兩級組建動物疫病控制與診斷中心，縣級組建畜牧獸醫站，三級機構均為全額預算管理的事業單位；四是健全強化基層動物防疫機構；五是加強村級動物防疫網絡建設。除新疆外，江蘇、浙江、河北、甘肅省改革方案已經進入實施階段，其它省也提出了改革方案或初步方案。
三是推進了生產方式轉變禽流感疫情頻頻出現，與家禽生產方式落后有很大關系。禽流感讓家禽從業者充分認識到從傳統落后的小規模分散飼養方式向現代科學的規模飼養方式轉變勢在必行。2004年防控禽流感，一些地方就提出了禁止家禽散放散養的要求。2005年，禁止散放散養力度進一步加大。在此基礎上，一些地方把轉變傳統飼養方式作為畜牧業發展目標。北京市提出2006年要改變傳統散養的飼養方式，杜絕人畜同院和不同畜禽混養。南京市計劃在“十一五”期間實施“退戶入園”戰略，徹底改變一家一戶的家禽飼養方式。在轉變畜禽飼養方式上，山東省走在了全國的前面，取得了明顯的效果。為什么山東省養禽業能連續兩年遠離禽流感？除了嚴格防控外，養禽業集約化、標準化程度高是重要因素，高水平的科學飼養方式給安全生產立起了屏障。
