根據分配公告，持有2006年小麥、玉米、稻谷及大米、食糖、棉花進口關稅配額的最終用戶，當年未就全部配額數量簽訂進口合同，或已簽訂進口合同但預計年底前無法從始發港出運的，均應將其持有的關稅配額量中未完成或不能完成的部分于9月15日前交還所在地的省（自治區、直轄市、計劃單列市）發展改革委、商務廳（外經貿廳）。國家發展改革委、商務部將對交還的配額進行再分配。對最終用戶9月15日前沒有交還且年底前未充分使用的配額，國家發展改革委、商務部在分配2007年農產品進口關稅配額時按比例相應扣減。

    獲得小麥、玉米、稻谷及大米、食糖、棉花2006年進口關稅配額并全部使用完畢的最終用戶，以及符合有關分配原則中所列申請條件但在年初前分配時未申請2006年進口關稅配額的新用戶，可以向相關部門提出農產品進口關稅配額再分配申請。申請者需在9月1日至15日以書面形式遞交關稅配額再分配申請。