飼料原料是安全飼料生產的第一道控制點，有些飼料原料生產過程中由于受病蟲侵入，因此大量使用農藥防治，造成谷物產品的農藥殘留大大超標，飼料廠在接收原料時應加強對農藥殘留的檢測。另外，工業生產所排放的廢水、廢氣對飼料原料污染也相當嚴重。目前，飼料生產企業由于檢測設備的限制，大多數對農藥殘留和工業污染原料末加檢測，這是安全飼料生產的一大隱患，飼料生產者應引起足夠重視。飼料原料水分是安全貯存的關鍵，尤其是一些剛收獲的飼料原料，水分一般都達不到安全貯藏的標準，貯藏過程中原料不可避免受霉菌和昆蟲的污染，產生大量的霉菌毒素，使生產的飼料品質惡化，引起畜禽的疾病產生，因此，通過改善原料的貯存條件和控制飼料原料的水分（安全水分在12%以下），可減少霉菌的污染，這是一個最有效、最積極方法。當然，許多原料處理時由于經濟的原因，不可能使其達到相當干燥的程度，采用防霉劑來控制霉菌滋生亦是有效的措施，控制霉菌生長就可以減少霉菌毒素產生。然而，防霉劑不能去除原料中已有霉菌毒素，因此必須在霉菌污染發生之前盡可能早的制定霉菌控制措施。

飼料原料的摻假，其加工后的飼料安全性得不到保證，目前，由于飼料原料供應緊缺，原料摻假的現象十分嚴重，給安全飼料生產帶來困擾，在原料接收時，通過嚴格的化驗來確認是否符合原料質量標準，堅決杜絕不合格的原料進廠。

飼料中大部分原料為玉米，通常貯存在立筒庫內，尤其是鋼板倉，由于白晝間的氣溫差別較大，引起貯存原料的水分蒸發和水蒸氣的結露，使靠近立筒庫壁面的部分原料含水量偏高，如長期貯存，則使原料產生霉變，應加強立筒倉內原料的管理，可通過對立筒庫原料的翻倉以減小部分原料的水分，保證貯存原料的安全。

       原料的清理

在飼料加工中，人們往往重視飼料原料中的大型雜質和磁性雜質的清理，這樣可以保證飼料加工設備的安全。而飼料中的小型雜質是生產者常常忽視的，這些雜質的成分復雜，是各種有害微生物滋生的場所，當原料中水分和溫度適宜其生長時，原料的營養又是其培養基，使其快速生長，產生大量的有害物質，能導致飼料品質的惡化，這是安全飼料生產應該重視的問題。飼料生產中小型雜質的清除有利于飼料的安全，同時對加工設備的使用壽命和保證產品質量的穩定十分有利。

       原料中有害組分的控制

飼料加工中所使用的原料十分復雜，有些原料具有天然有毒有害物質。如植物性飼料生物堿、游離棉酚、單寧、蛋白酶抑制劑、植酸以及有毒硝基化合物等，動物飼料中的組氨、抗硫氨素等、另外一些原料受到有害微生物的污染，如受污染的哺乳動物的血、脂、骨粉或肉骨粉等，這類有毒有害物質對動物造成多種危害，能引起家畜的生產性能下降，影響其它添加組分消化吸收，甚至引起動物急性或慢性中毒，誘發癌腫。在選用原料時應根據實際需要加以控制，如棉菜籽餅粕應選用脫毒的原料，或控制用量，反芻動物飼料中禁止使用肉骨粉。