有固相與液相兩種方式，操作雖然不同，但是其原理幾乎是一樣的。化學合成法雖然發展較早，也比較成熟，但仍有許多缺點，包括①消旋化現象；②側鏈官能團需要保護；③整體效率低；④使用大量的有毒溶劑，且成本高昂。因此化學合成法多半用在實驗室，或是高價肽的生產上。

    2 DNA重組法 沒有化學合成法的缺點，且一旦整合成系統建立好，將可以大量的重復性生產所要的活性肽。但目前的技術在基因的表達與產品回收上仍有問題，同時該法生產的活性肽種類也有限制，不能生產酰胺肽，也不適合制備短鏈肽。

    3 酶法 此法則有許多的優點，包括反應較溫和、使用的試劑毒性較低、反應具有空間立體性，產物沒有消旋化現象、反應位點具有方向性等。然而，酶發也有局限，利用蛋白酶催化活性肽的合成，最明顯的副作用是蛋白酶本身的水解作用，會造成許多不必要的產物生成，此外缺乏適合使用的蛋白酶、產率低等技術問題也限制酶法的廣泛應用。

    4 微生物發酵法

    此法是通過微生物的生化反應將大豆蛋白轉化為大豆肽。此法生產的肽不是將大豆蛋白質簡單切成小肽，而是通過微生物作用可以對某些苦味基因進行修飾和轉移、重組、在發酵過程中，小肽氨基酸之間又經過代謝、同化，將大豆肽轉化為生物活性肽。