在37城市蔬菜農藥殘留例行監測中，全年平均合格率在95％以上的城市有：濟南、壽光、拉薩、蘭州、貴陽、西安、南京、南寧和青島9個城市。對22城市8801個豬肝等樣品中的瘦肉精進行了監測，平均合格率為98.5％，比2005年提高1.3個百分點。在22城市畜產品中瘦肉精污染和磺胺類藥物殘留例行監測中，全年5次均未檢出瘦肉精的有8個城市，分別是北京、福州、沈陽、大連、南寧、重慶、成都和西安，全年5次磺胺類藥物監測均合格的有南京、長沙和南昌3個城市。對北京、天津、上海、廣州、深圳、鄭州、武漢、南昌8城市4種水產品的1200個樣品進行了氯霉素監測，平均合格率為98.8％，比2005年提高1.3個百分點。在8城市水產品氯霉素和孔雀石綠污染例行監測中，全年5次均未檢出氯霉素的城市是鄭州和武漢，監測合格率較高的城市有北京、上海和南昌。2006年農業部首次將孔雀石綠作為水產品例行監測對象。從監測結果看，全年平均合格率為91.0%，合格率由年初的88.1%穩步上升到年底的94.4%。

    監測結果表明，我國農產品質量安全總體上是安全、放心的。但是，與城鄉居民日益提高的消費要求相比，與技術性貿易壁壘日益加劇的國際貿易形勢相比，農產品質量安全工作還存在一定差距。農業部要求各地農業部門要進一步深化認識，針對例行監測結果，突出抓好全程管理、監督監測、強化執法，抓好綜合服務和應急處置等工作。全面落實《農產品質量安全法》的各項要求，進一步加強部門間的協調配合，合力推進農產品質量安全監管工作。