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網(wǎng)格計(jì)算給對(duì)抗禽流感帶來新希望

  作者: 來源: 日期:2007-10-15  
     海選藥物分子加速新藥研制

    科技日?qǐng)?bào)訊 (記者 馮衛(wèi)東)上個(gè)月,歐洲和亞洲研究人員共同協(xié)作,針對(duì)致命的禽流感病毒發(fā)起了一場新的戰(zhàn)役。他們將橫跨45個(gè)國家的4萬多臺(tái)電腦聯(lián)合起來組成網(wǎng)格,以期加速抗病毒新藥的研制步伐。這個(gè)稱之為EGEE(EnablingGridsforE-sciencE)的計(jì)算機(jī)網(wǎng)格,將數(shù)萬臺(tái)普通電腦組成一個(gè)超大型超級(jí)計(jì)算機(jī),將在未來數(shù)個(gè)星期被用來分析50萬以上的藥物分子。

    北京大學(xué)上周新公布的數(shù)據(jù)顯示,禽流感病毒可以通過孕婦胎盤傳遞給未出生的胎兒,也能感染成年人的肺臟器官。而對(duì)任何流行病病毒暴發(fā)的快速反應(yīng),是控制其發(fā)展的首要步驟。

    研究人員表示,EGEE網(wǎng)格是發(fā)現(xiàn)新藥物線索的最快和最便宜的方式。他們正利用EGEE尋找能夠抑制流感病毒活性的新型分子,使用EGEE,已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了大約200個(gè)可能成為對(duì)抗禽流感的藥物分子。

    EGEE計(jì)算網(wǎng)格的藥物發(fā)現(xiàn)軟件允許研究人員計(jì)算藥物分子固定病毒活性位置并抑制其活動(dòng)的可能性。使用這些篩選結(jié)果,研究人員可以預(yù)測(cè)哪些化合物對(duì)阻止病毒最有效。這將加速發(fā)現(xiàn)新型的病毒抑制劑,同時(shí)最大限度地減少非生產(chǎn)性的實(shí)驗(yàn)室試錯(cuò)方法。

    在匈牙利布達(dá)佩斯舉行的EGEE2007會(huì)議上,歐洲委員會(huì)信息社會(huì)和媒體總局新興技術(shù)與基礎(chǔ)設(shè)施處處長,達(dá)赫爾斯滕用EGEE應(yīng)用于對(duì)抗禽流感的成功例子,來說明電子基礎(chǔ)設(shè)施對(duì)科學(xué)的潛在貢獻(xiàn)。達(dá)赫爾斯滕稱,計(jì)算機(jī)網(wǎng)格在探明新藥潛力方面的生產(chǎn)力水平提高超過6000%%。通過EGEE網(wǎng)格已經(jīng)篩選了30萬個(gè)分子,篩選出的123個(gè)潛在分子中的7個(gè)已在實(shí)驗(yàn)室的體外試驗(yàn)中被確定為抑制劑,篩選成功率高達(dá)6%,而使用傳統(tǒng)藥物發(fā)現(xiàn)方法的典型成功率則僅為約0.1%。

 
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