荷蘭的農產品安全管理體系主要是由農業、自然管理和漁業部（荷蘭語:MinisterievanLandbouw，NatuurbeheerenVisserij，簡稱LNV）、健康、衛生、體育部和一些專業協會共同組成。
1．農業、自然管理和漁業部及其隸屬機構
荷蘭農業、自然管理、漁業部（LNV）主要負責農產品生產過程中的安全標準政策制定，確保本國農產品在國際市場上的競爭優勢。農業、自然管理、漁業部（LNV）由兩個部分組成：政府核心部門和輔助機構，政府核心機構可以分為9個中央政策局、5個地方政策局和6個咨詢管理局。9個中央政策局負責9個政策領域的政策制定，地方政策局主要負責促進地方政策的完善和地區之間的政策交流，咨詢管理機構主要負責日常的行政管理和必要的工作設施、建議的提供，輔助機構主要負責相關領域政策的完善。
（1）國家家畜和肉類檢測局。國家家畜和肉類檢測局（TheNationalInspectionServiceforLivestockandMeat，RVV）是下屬農業、自然管理和漁業部的一個核心專業局。RVV在5個省大約雇用了l600名受過良好教育的職員，同時還有數個實驗室。RVV主要負責動物和動物產品生產和銷售，以保護公眾健康和動物福利。RVV的主要任務是：（1）為企業發放許可證；（1）對動物性產品的生產和銷售進行檢測和監測；（3）對動物及其產品進行檢測；（4）發放衛生許可證和其他證件；（5）對非歐盟國家發放出口許可證。RVV的主要監測對象是：（1）紅肉和紅肉產品；（1）禽肉和禽肉產品；（3）出口的活動物；（4）魚類、貝類及其產品；（5）進口動物和動物產品；（6）進口和轉港出口的新鮮水果和蔬菜。
（2）環境、質量和衛生局。環境、質量和衛生局
（TheDepartmentoftheEnvironment,QualityandHealth，MKG）也是隸屬于荷蘭農業、自然管理和漁業部的一個核心局。MKG的主要職責有：（1）負責動植物健康（包括人類健康）、動物福利、環境、農業生產和市場流通鏈的質量衛生控制、動植物源飼料等的政策發展問題，進行發展戰略的制定并貫徹執行，風險分析、風險管理和風險交流，生產方式，消費模式和技術創新等活動；（1）負責食品污染物（例如污染、微生物、自然毒素和殘留）、獸藥、飼料添加劑、農藥等的監測體系建設與發展。
（3）首席獸醫官。農業、自然管理和漁業部的首席獸醫官（ChiefVeterinaryOfficer，CVO）主要負責動物疾病控制和為動物及動物產品發放許可證。CVO的工作要由國家肉類及家畜檢疫局（RVV）和環境、質量和健康局（MKG）共同籌建的獸醫機構協助。在國際交往上，CVO在歐盟和其他國際組織中代表荷蘭與第三國進行有關磋商。
此外，還有荷蘭奶業和奶產品控制機構（COKZ），公眾健康和獸藥事物檢測局，動物飼料質量控制局（KDD）等也對農產品質量起到重要的管理監測作用。
2．健康、衛生、體育部
荷蘭健康、衛生、體育部還下設了專門負責食品質量安全管理的總巡查員機構及若干地區分支機構，主要負責對巡視員和檢查員進行資金資助，并進行相關立法。總巡查員總部位于海牙，大約有100名全職人員，其中絕大多數職員從事諸如法律建議、計算機管理、人員培訓、信息發布、融資和質量控制等管理工作，并處理農產品質量安全的終審投訴和進行電話調查，同時也進行試驗處理和規范檢查程序。
在荷蘭的北部、東部、南部、西北部和西南部地區設有5個地區巡察團，其機構設置與總檢查機構相類似，主要負責計算機信息處理、人力資源培訓、食品檢測、獸醫指導、宣傳、管理和質量控制等工作。
3．獨立機構和專業協會
（1）農藥授權委員會。荷蘭的農藥授權委員會（TheBoardfortheauthorizationofpestcides，CTB）是一個獨立的管理機構。它的主要職責是以1962年的《農藥法》為依據，授權殺蟲劑的使用。
（2）荷蘭奶制品委員會。荷蘭奶制品委員會成立于1956年，其組成成員代表荷蘭奶業生產的各個方面，包括牛奶場、奶制品生產企業和奶制品批發、零售商。委員會主席是由皇室任命的，具有獨立的地位。奶制品委員會具有執法權，可以強制性要求牛奶場、奶制品生產者和奶制品貿易者遵循既定標準。此外，該委員會還進行奶業信息的統計和奶業知識的傳播，并受荷蘭農業、自然管理和漁業部的委托負責執行歐盟的奶業市場規則。
（3）荷蘭肉類委員會。荷蘭肉類委員會是一個自發成立的非政府組織，主要代表荷蘭肉類和肉類企業的利益。該委員會的運轉主要靠家畜禽飼養者、屠宰者向荷蘭家畜、肉類和蛋類生產委員會繳納的部分稅收資助。荷蘭肉類委員會的主要目標是利用現代傳媒，提高荷蘭肉類和肉類產品的形象，以營造荷蘭肉類出口貿易的良好環境，并收集和整理各地的食品安全和動物健康信息。
（4）動物飼料生產委員會。荷蘭動物飼料生產委員會是一個荷蘭所有飼料原料與復合飼料貿易協會、飼料原料貿易者、飼料原料生產者以及最終的飼料需求者的聯合體，主要管轄范圍包括粗飼草、飼料原料和食品加工處理過程中的副產品等。其主要任務是為動物飼料生產鏈制定質量規則（如動物飼料的GMP標準），以把飼料的質量控制納入整個動物生產部門的整體質量控制體系。
二、主要農產品質量控制體系
1．飼料質量控制體系
動物飼料部門是整個食品生產鏈中很重要的一環，對荷蘭肉類、奶類和蛋類質量來說尤為重要。從10世紀90年代開始，荷蘭動物飼料生產委員會（PDV）就主要依據GMP標準來對飼料質量進行控制。飼料GMP質量控制體系是荷蘭綜合質量控制體系（IKB）的一個重要組成部分。
GMP是“GoodManufacturingPractices”的簡稱，GMP合格證是建立在ISO?9002質量管理標準和HACCP技術標準的基礎上的。為了提高飼料質量水平和安全程度，荷蘭的各飼料生產、流通部門內部都制定了相應的質量標準，并且各部門之間也達成了一系列的協議。這些動物飼料部門內部的質量控制措施是荷蘭飼料質量控制GMP標準的一部分。荷蘭動物飼料商品委員會負責發放GMP合格證，動物飼料質量局和國家家畜和肉類檢測局也對產品進行檢測，以保證產品質量符合要求。從1999年6月起，荷蘭動物飼料生產委員會為了進一步增強對動物生產部門的質量控制，決定在整個動物生產鏈上進行風險分析，并更加強調了企業內部的危害關鍵點控制，同時將食品質量控制擴展到整個食品成分供給鏈。
2．豬肉質量控制體系
荷蘭的豬肉以安全、高質量而聞名世界，荷蘭對肉類的質量控制主要應用“食物鏈整體控制”（荷蘭語IntegraleKetenbeheersing，簡稱IKB）的質量控制體系，IKB體系認為所有有關豬肉生產的活動都應是緊密相關的。在肉類供給鏈中，從農場到銷售的每一個環節都應在交換信息的基礎上，嚴格遵循《良好制造實踐法》和《良好獸醫實踐法》（thecodeofGoodVeterinarianPractice,GVP）的要求，同時遵守相關衛生、獸藥使用、運輸和動物福利要求，特別是嚴禁使用生長促進劑。
另外，荷蘭還有一種強制性的識別和注冊（IdentificationandRegistration，I&R）體系。I&R是一種集中的管理程度，能夠有效識別動物的來源。這也是IKB體系的一個組成部分。
IKB體系是在10世紀80年代由豬肉部門獨立發起的，在1992年第一次公開地向公眾介紹。IKB體系的成員都是自愿參與的，但是一旦參與就要求遵循IKB的特殊要求。1998年荷蘭的屠宰動物中有90%參與了IKB體系，荷蘭屠宰場大約每年要加工處理100萬頭通過IKB認證的豬，占整個荷蘭全國屠宰量的97%。荷蘭的IKB質量體系給荷蘭的肉類零售商和消費者在肉類質量和安全上以高度的保證。
除了IKB體系外，荷蘭的肉類企業還遵循IS0、GMP和HACCP體系的質量要求。荷蘭所有的質量控制體系都是動態的體系，經常吸收最新的知識和經驗。
3．奶產品質量控制
荷蘭的奶制品質量控制主要運用GMP和奶業鏈條質量控制”（荷蘭語KetenKwaliteitMelk，KKM）兩個體系。GMP體系于2000年10月1日開始生效，這個體系主要致力于對整個食物鏈的追溯性、早期預警和提前干預。KKM在2000年初建立，這個體系主要是為了保證牛奶產品質量指標的實現。在荷蘭幾乎所有的牛奶產品都遵循KKM標準，所以對于不符合KKM標準的奶類的市場價格就要偏低。KKM的標準主要涉及到獸藥使用、動物健康、奶類生產程序、飼料、水、衛生、生產過程的消毒、殘留量水平和環境等各個環節。KKM的參與者所使用的飼料必須來自于具有GMP認證的飼料廠家，使用的獸藥必須經過GVP認證，并且要登記農戶購買和使用獸藥的其他具體情況。
