蛋白質原料是飼料的核心原料，隨著魚粉等高端蛋白原料資源的稀缺和價格暴漲，用植物蛋白替代動物蛋白并且提高蛋白的利用率已成為飼料行業必須面對和解決的首要問題。生物發酵技術成本低，作用與動物自身消化過程相似，發酵后的植物蛋白在提高飼料蛋白質利用率方面潛力和優勢巨大，能夠替代部分魚粉或其他動物源蛋白，近幾年發展迅速，對于緩解動物蛋白不足對養殖業發展的制約。目前應用廣泛的主要有以下幾種植物蛋白發酵飼料：

　　一、發酵豆粕

　　豆粕是養殖業主要的蛋白來源，但因其中多種抗營養因子的存在，影響動物對大豆蛋白的消化利用，尤其是仔豬、犢牛等幼畜對大豆抗營養因子耐受性較弱，導致豆粕在日糧中的添加比例有限。利用微生物發酵的方法，能夠降低豆粕中的抗營養因子，提高原料品質，解決豆粕應用的限制，既可以成為替代魚粉等動物性蛋白質的優質原料，也可以作為活性生物飼料，從而減少抗生素的使用。

　　豆粕在發酵過程中可以將其中的蛋白質進行分解產生小肽和游離的氨基酸，提高蛋白質在動物體內的吸收率;并且發酵中富集的有益微生物及其代謝產物還能夠促進動物的腸道健康;此外，發酵可以使豆粕產生香氣，改善適口性，吸引動物進食，提高采食量。發酵豆粕在水產動物、家畜、家禽等動物中的應用都大有潛力。

　　二、發酵菜籽粕

　　菜籽粕營養價值很高，蛋白質含量較高，氨基酸較為平衡，并且鈣、鐵、錳、磷、鎂礦物質含量豐富。并且菜籽粕在國內的產量充足，是替代動物蛋白的優質原料。

　　但菜籽粕含有較多的植酸、單寧等抗營養因子，還有較多異硫氰酸酯、硫氰酸酯、惡唑烷硫酮、腈、芥子堿等有毒有害物質，不但影響日糧適口性、影響其他營養物質利用，還可引起動物甲狀腺腫大，抑制動物生長，因此菜籽粕在動物日糧中的應用受到了極大的限制。

　　菜籽粕通過發酵能夠獲得良好的脫毒效果，提高菜籽粕的營養價值。有研究表明，采用黑曲霉發酵和酶解兩步法制備菜籽粕，菌酶聯合處理，能使菜籽粕中的硫代葡萄糖甙、植酸的含量下降近一半，降解率明顯大于單步發酵，產生的小肽含量也提高了673.36%，能有效改善菜粕中的營養成分，提高菜粕的應用價值。

　　三、發酵棉粕

　　雖然棉粕的蛋白質組成不太理想，精氨酸含量較高，賴氨酸、蛋氨酸等必需氨基酸含量不足，但棉粕含有的粗蛋白可達40%以上，且在國內的產量豐富，因此也可以作為蛋白源在動物中應用，一定程度上彌補蛋白資源的不足。不過由于棉粕中含有大量的游離棉酚，棉酚有一定的毒性，就限制了它的有效利用。

　　微生物發酵不僅可以降低棉酚含量，還可以改變棉粕營養成分，提高飼料蛋白品質，將蛋白質分解成更多的小肽，積累必需氨基酸，更有利于機體吸收蛋白質和礦物質，有利于動物生長發育。研究表明，在豬生產過程中，可以用發酵棉粕來代替部分豆粕，在仔豬生長階段，添加4%~6%的發酵棉粕代替豆粕，對仔豬生長無不利影響，還能降低仔豬腹瀉率。

　　四、發酵花生粕

　　雖然在實際生產中往往需要人為添加蛋氨酸、賴氨酸、蘇氨酸等，花生粕富含植物蛋白，維生素和礦物質含量較高，其代謝能在所有餅粕類飼料原料中居于第一位，且其口感較好、比大豆蛋白更易吸收，比較適合于禽畜水產飼料中使用。但由于黃曲霉毒素的存在，花生粕在日糧中的使用量也受到限制。

　　如果將花生粕經過微生物發酵處理，消除或降低其毒素，則可以提高花生粕在飼料中的添加比例和利用率。有研究發現，以花生粕為原料，采用好氧固態發酵的方法，酵母菌對黃曲霉毒素 B1(AFB1)具有解毒作用，采用厭氧固態發酵，嗜熱鏈球菌和德氏乳桿菌亞種可以轉化花生粕中黃曲霉毒素，如果將熱處理與厭氧固體發酵相結合，可使花生粕中黃曲霉毒素的生物轉化率達到100%。

　　五、發酵棕櫚粕

　　棕櫚仁粕價格低廉，無霉性和副作用，蛋白和脂類含量都較高，作為飼料能同時為動物提供蛋白質和能量，且其他抗營養因子含量很少。但棕櫚粕的氨基酸組成不合理，精氨酸的含量較高，賴氨酸和蛋氨酸的含量比較低;粗棕櫚粕纖維含量高達15%以上，甘露聚糖占比大，這些都會影響動物對飼料的吸收轉化，尤其是對于單胃動物而言，粗纖維的存在對其消化吸收十分不利。

　　如果能通過發酵的方法將棕櫚粕中的粗纖維和非淀粉多糖降解，這將會在未來飼料發展中，擁有較為廣闊的發展前景。有研究表明，在日糧中添加了4%的發酵棕櫚粕，蛋雞日產蛋重、哈氏單位和蛋白高度都有提高，蛋黃顏色等級、蛋雞產蛋性能和蛋品質量均有不同程度的提升。