吳敬璉認為，不良貸款的陰影仍然在加大。由于四大國有商業銀行的基本體制未發生根本性變化，盡管1998年政府發行了2700億特種國債補充商業銀行資本金以及剝離1．4萬億的不良資產給四大資產管理公司，但2000年末，四大行的不良貸款率又達到33．37％，2003年末，這個數字降到20．36％。但是，吳敬璉指出，數字的降低一半以上是因為貸款余額大幅增加所致，而且新增貸款中長期貸款比重增加極快，去年以來的盲目投資建設有多少會成為不良貸款，“現在還很難說”。

     他指出，更為嚴重的是制造這種金融黑洞的機制并未消失。最近南方證券、閩發證券、“德隆系”企業、“國債回購”、佛山工商銀行騙貸等事件暴露出的動輒十億、百億，甚至千億計的資金黑洞說明金融危機的發生不是“遙遠幻影”，而是“現實危險”。

     吳敬璉贊同海外學者關于中國經濟低效率增長維持的兩個條件，一是高儲蓄率條件下的國有銀行的壟斷和外匯管制，一是年輕的勞動力大軍。“高儲蓄可以繼續補充企業在運行中消失的資金”，“但是條件不會永遠存在”，吳敬璉提出，中國必須在2006年中國向外資完全開放人民幣業務和2012年中國人口老齡化到來之前，抓緊建立適合于現代市場經濟的金融體系。吳敬璉呼吁，銀行改革要實行國有銀行改制和民營銀行創建“兩條腿走路”，銀行業改革應在對外開放之前，首先實現對內開放，積極穩妥建立一批民營銀行。

     吳敬璉指出，目前對于開放民營銀行有一些思想障礙，認為國有銀行無論在營業網點還是業務份額上都占有絕對優勢，認為只要把國有銀行改好就可以解決我國銀行體系的問題。但是，他說，從蘇聯、東歐社會主義國家改革的經驗看，把主要精力放在國有企業改革上是一種效果不佳的策略。中國改革取得較大成功的秘密就在于沒有效法蘇聯、東歐國家的做法，而是一開始就把真正的重點放在非國有經濟的改革和發展上。

     因此，吳敬璉的觀點是，銀行業改革可借鑒工商企業改革的經驗，在進行國有銀行和準國有信貸機構改制的同時，引入民營銀行。

     吳敬璉還指出，對于大家擔心的民營銀行財力單薄，資信不足，一有風吹草動就易于引發擠兌等金融風潮，他認為，這一問題完全可以通過存款保險等制度安排加以防止和化解。對于不贊成開放民營銀行的另一個理由———民營企業投資和控股商業銀行動機不純，企圖通過關聯貸款或其它形式占用銀行資金，吳敬璉指出，在這方面不應因噎廢食。為了防止這類問題的發生，必須收緊對民營銀行與關聯人士的信貸管制以及他們之間的金融往來的監督和控制，必要時要由股東作出避免關聯貸款的承諾。