在種子的形態鑒定當中，對于鑒別栽培品種的最有用的形態鑒定的指標有性狀，大小，表面特征和種子顏色等。其中種子表面特征可以從光滑到粗糙，從光亮到灰暗的不同程度的變化，并且其表面結構也有凹陷、溝紋或者其它的類型的形態結構差異。種臍特征，特別是性狀大小和著生的位置是鑒定品種的最明顯的特征。毫無疑問，種子形態特征是植物生活史中最穩定的性狀之一。因此是鑒定品種的重要的依據。即使這樣，在種子的利用的形態特征鑒定品種的純度時仍然回碰到一些問題，這是因為，真正能夠用于鑒定品種純度的餓特征是有限的。只有諸如種皮顏色，類型、稃棵殼顏色等幾個形態特征，并且這些特征只適用于這些品種有差異的情況。另一方面，許多種子由于成熟度的不同，在加工過程中會使部分結構脫落，并且種子的大小和顏色還會受到土壤和氣候的影響，所以在進行品種鑒定的時候要注意這些問題。
　　1. 試驗樣品
　　隨機從凈度分析的樣品中數400粒種子，鑒定時必須設置重復，每個重復不超過100粒種子。
　　2. 鑒定的方法
　　根據種子的形態，必要時借助放大鏡進行逐粒的檢查。必要時備有標準的樣品或者鑒定的圖片等相關的資料；
　　3. 鑒定的標準：
　　鑒定玉米種子可以根據粒型（馬齒型，半馬齒型、硬粒型）、粒色（白色、黃色、紅色、紫色），籽粒的頂部性狀（長方，長圓，圓）、頂部顏色以及粉質的多少、胚的大小、性狀，胚的部的皺折的有無，多少，花絲的遺跡的位置與明顯的程度，稃色籽粒上棱角的有無以及明顯的程度等。

　　幼苗鑒定法
　　在適宜的發育條件下，讓幼苗發育到一定的階段，根據幼苗的形態特征區分不同的品種，或者在一定的逆境條件下，根據品種對逆境的反映來鑒定不同的品種。
　　1. 試驗樣品
　　隨機數取凈度分析后的凈種子400粒，設置重復，每個重復不超過00粒。
　　2. 鑒定方法
　　將種子置于沙床上，（加水量為沙的持水量的60%）在25度的光照培養箱中培養14天，也可以在室溫透光的條件下培養。
　　3. 鑒定標準：
　　玉米的芽鞘顏色是可遺傳的質量性狀，可以據此來區分不同的品種。芽鞘顏于芽鞘顏色不同的品種。