利用自交系進行雜交所產生的雜交種為自交系間雜交種。其雜種優勢強，增產潛力大。配制自交系間雜交種，首先要培育自交系。方法是從品種或雜交種群體中分離選擇優良單株,在花絲未抽出前用紙袋套住雌穗,花絲抽出后再用紙袋套住同一株上的雄穗。第2天收集袋內的花粉授于套袋的雌穗上，進行自交。自交第一代的植株生長勢和抗病力顯著減退，會出現白苗、黃苗和畸形株等。從中選擇較好的植株繼續自交，如此進行四五代，每代選優去劣，最后每一自交穗后代即成為性狀相對穩定一致的自交系。

     優良的自交系不但要有良好的生長勢和抗病性，而且要有較高的配合力，即一個自交系與其他自交系雜交時，能產生高產的雜交種。自交系間雜交種有：

     ①單交種。即兩個自交系雜交（自交系甲×自交系乙）產生的雜交種。植株整齊一致，生長勢強，雜種優勢高，增產潛力大,制種時所需隔離區少,目前生產上廣泛采用。但因單交種的種子是從母本自交系上產生的，制種產量低，種子成本高。

     ②三交種。一般先用兩個自交系配成單交種，再與另一個自交系雜交配而成〔（甲×乙）×丙〕。其制種產量高，整齊度和產量潛力介于單交種和雙交種之間。

    

     ③雙交種。由四個自交系先配成兩個單交種，再將兩個單交種雜交產生，即(甲×乙)×（丙×丁）。雙交種的遺傳基礎廣泛，適應性較強，制種產量高，但其植株整齊度和產量潛力不如單交種和三交種。20世紀60年代前，世界各國玉米生產都以雙交種為主，以后逐漸為單交種所代替。