二000年版《中國獸藥典》二部收錄了476種藥材，成方制劑185種；檢驗方法也增加了薄層掃描、氣相色譜法、液相色譜法等先進的技術，同時對某些品種還增加了含量測定。與過去相比，這是很大的進步，但從中醫藥的觀點看，個別指標成分的控制，難以真正控制中藥功效。因為每一味中藥材都含有很多復雜的化學成份，要想精確地分析出其中具體含有哪些化學物質、每種化學物質的具體含量，實際上是不可能的。一來中藥成份太復雜；二來中藥為復方用藥，研究單體并不能洞悉全貌。這就要求在尚不清楚全體化學成份情況下，尋找一種可行的方法來實現對物質整體質量的控制。

　　目前國際較為通用的是一種“指紋圖譜”的鑒定方法。它既可以判斷其所含的主要份分，還能通過色譜的大小，得出含量，但無須知道其確切的份和分子式，這正符合中醫藥作為整體綜合的特點，成為中草藥現代化的一個突破口。我國目前已規定所有中成藥注射液必須提供指紋圖譜，對口服中成藥的指紋圖譜的要求正在進一步實施之中。以“指紋圖譜”作為中成藥、草藥提取物這類含有混合物質群的質量控制方法，已成為國際共識。

　　所謂“指紋分析”是借用了法醫學的指紋鑒定概念，人的指紋有拱形、環形和螺紋形3種基本模式，這是人類的共性，但每一個人的指紋在細微處卻絕對不同，這是指紋的唯一性。同理，對于同種植物藥材，由于具有先天遺傳性，其所含化學成份也具有遺傳性，個體之間就必然有群體共有的特征，這樣在他們的色譜圖、光譜圖或DNA序列等分析圖譜（稱之為指紋圖譜）上就會表現出相同的特征。但由于植物的化學組成因生長環境、生長年限及炮制方法的不同而可能產生個體間較為明顯的差異，在其指紋圖譜中又會反映出其與群體的不相似性。中藥指紋分析就是利用這一特點，通過分析同種藥材或制劑，或者同一產品不同批號間的指紋圖譜的差異，在不可能將中藥復雜成分都搞清楚的情況下，反映出中藥及其制劑內在質量的均一性和穩定性，差異越小，說明藥材或產品的穩定性越好。因此指紋分析的最終目的就是判定原料或產品的質量是否穩定，確定其真偽及優劣。

　　指紋圖譜能反映出產品的“共性”及“個性”。共性是指能體現出不同產地、不同采收期的同種藥材或不同批號的同一種成品共同具有的某些特征（如色譜圖中的共有峰）。“個性”是指能反映出該藥材或成品有別于其它任何物質，以及能反映出同種藥材由于產地或采收期不同造成的差異，對于成品，則能反映出同一產品不同批次間的差異。