該項目利用微衛星DNA多態性分析（SSR）和酶切片斷長度多態性（AFLP）兩種技術對我國76個地方雞種和26個地方鵝種的遺傳特性進行了系統分析，探明了我國地方雞種和地方鵝種的分子遺傳結構、品種間的遺傳關系，揭示了我國地方家禽品種具有豐富遺傳多樣性的現狀；研究開發了用于DNA指紋圖譜繪制的ZWT1.0軟件，成功繪制了地方76個地方雞種、26個地方鵝種的DNA指紋圖譜，為地方家禽遺傳資源的保護、評價和利用提供了科學依據。

    項目按照查詢方便、快捷、直觀等要求編制相關程序，并錄入各個品種的基本資料(資源名稱、圖片、產地分布、外貌特征、生產性能、現有數量、保護狀況等)、 SSR、AFLP標記分析結果（基因頻率、基因雜合度、多態信息含量、共帶率、相似系數等）、DNA指紋圖等信息。初步建立地方禽種的分子信息庫，為實現資源共享奠定基礎。

    項目建立了利用SSR和AFLP兩種標記相結合進行禽種種質評定方法，開展雞種鑒定方法的研究，提高了雞種評價的科學性和準確性。開展了利用SSR分子標記技術監測地方雞種保種效果的研究，建立了地方雞種保種群分子標記檔案，為從分子水平監測基因庫小群保種效果提供了科學手段。利用SSR標記對以隱性白羽雞和仙居雞為親本制備的F2代分離群體進行了與屠宰、生長和肉品質性狀相關性研究，研究發現6個標記與肉品質性狀相關，11個標記與屠宰、生長性狀相關，這些標記可作為標記輔助選擇或早期育種的分子標記。