新方案提出，一是進一步優化全國流感監測網絡。目前全國流感監測網絡共有網絡實驗室411家、哨點醫院556家，每年95%以上的哨點醫院能夠及時報告監測數據并完成標本采集和運送任務；二是進一步提升監測水平和質量。到2012年底，全國50%以上的省級疾病預防控制中心要建成省級流感參比中心，70%以上的網絡實驗室能夠獨立開展病毒分離工作。到2015年底，全國90%以上的省級疾病預防控制中心要建成省級流感參比中心，90%以上的網絡實驗室能夠獨立開展病毒分離工作；三是積極發揮中國疾病預防控制中心在全球流感監測網絡中的重要作用，逐步具備中國流感疫苗毒株的預測和推薦能力。

    新方案要求，各地衛生行政部門要切實加強對流感監測工作的組織領導，保障監測工作所需的人力、物力和財力。各疾病預防控制中心、網絡實驗室和哨點醫院要按照新方案的要求，分工協作，扎實做好流感樣病例篩查報告、病例采樣、病毒分離、核酸檢測、復核鑒定、病毒抗原性分析和基因特性分析等流感監測的各項工作。

    新方案還要求地方各級疾病預防控制機構加強對轄區內學校、托幼機構、養老院等重點場所和重點人群的疫情監測，發現流感暴發疫情，嚴格按照要求及時進行處置。對符合報告標準的流感樣病例暴發疫情要及時進行采樣和檢測，準確判定疫情性質，及時報告。如果發現人感染高致病性禽流感病毒或其他新流感亞型病毒，立即報告，并按國家相關預案規定及時做好應急處置工作