“分區規劃”是《全國水生生物增殖放流總體規劃（2011~2015年）》的核心內容，包括內陸水域規劃和近岸海域規劃兩大部分，綜合考慮不同區域水域和生物資源特點、漁業發展狀況和增殖放流工作基礎，合理確定各分區增殖放流重點水域、主要物種、功能定位和2015年放流指導目標。內陸水域規劃包括東北區、華北區、長江中下游區、東南區、西南區、西北區等六個區，規劃重要江河、湖泊、水庫等重點水域274片，規劃2015年增殖放流經濟物種87億尾、珍稀瀕危物種0.23億尾。近岸海域規劃包括渤海、黃海、東海和南海四個區，規劃重要水域82片，規劃2015年增殖放流經濟物種253億尾、珍稀瀕危物種0.06億尾。

     近年來，隨著增殖放流規模的擴大和社會參與程度的提高，增殖放流中也出現一些新的問題有待解決：一是確保原有水域生態安全。增殖放流過程中，外來物種、雜交種等生物進入天然水體將造成原生自然生態系統的改變，非當地原有物種移入本地水域以及原有物種放流數量和比例結構搭配不適當均會對原生自然生態系統造成影響。隨著增殖放流規模的擴大和社會單位、個人開展增殖放流活動的增多，潛在的生物多樣性和水域生態安全問題將會更加突出。因此，有必要進一步統籌規劃全國不同區域的增殖放流適宜物種，確保水域生態安全。二是確定增殖放流的主要物種和重點水域。部分地方在開展水生生物增殖放流過程中過于注重本地漁民增收，增殖放流的品種以定居性或游動性不強的水生生物為主，對于增殖放流大范圍洄游性的水生生物物種積極性不高；增殖放流水域多是選擇易于管理的小型和封閉性湖泊、水庫，跨省（區、市）的開放型江河湖泊、重點城市的水源地以及邊界水域等重點水域增殖放流力度不夠，因此有必要統籌規劃全國重點適宜增殖放流的物種和水域，充分發揮增殖放流多功能作用，體現增殖放流的公益性。三是確保中央財政資金使用效益充分發揮的問題。以往，農業部只明確各地年度增殖放流總任務和資金規模，由各省（區、市）確定管轄區域內增殖放流的水域和物種。由于規劃不到位，部分地區存在放流資金規模小而散、放流活動隨意性大、放流水域和物種重點不突出不匹配以及放流效果不明顯等問題，既難以發揮中央財政資金的規模效應，也不利于項目資金監管。近幾年我國水生生物資源增殖放流事業取得了跨越式發展，但迄今為止，除《中國水生生物資源養護行動綱要》確定的增殖放流目標任務外，從國家層面上尚未對水生生物增殖放流事業制定過具體規劃予以指導，這既與當前全社會對增殖放流事業的重視不相適應，也不利于增殖放流事業的可持續發展。

     針對當前我國重要水域面臨的漁業資源衰退、水生生物瀕危程度加劇、生態災害頻發等一系列生態問題，《全國水生生物增殖放流總體規劃（2011~2015年）》將增殖放流功能定位在種群恢復、漁民增收、生物凈水和樹立負責任漁業國家形象等幾個方面。一是通過在東海、南海等近岸海域放流大黃魚、鯛、石斑魚，在長江、黃河、黑龍江等主要江河放流四大家魚、大麻哈魚等經濟物種，在長江、閩江等水域放流中華鱘、胭脂魚等珍稀瀕危物種，促進生物種群恢復。二是通過在渤海、黃海等近岸海域放流對蝦、海蜇、梭子蟹，以及在長江中下游等內陸地區的湖泊、水庫等傳統漁區放流鰱、鳙等物種，促進漁民增收。三是通過在密云水庫、東江等北京、香港的重要水源地放流鰱、鳙、細鱗斜頜鲴等物種，實施生物凈水、保障飲水安全。四是通過在黑龍江、鴨綠江、圖們江、雅魯藏布江等邊境交界水域開展增殖放流，樹立負責任漁業國家形象。

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    水生生物增殖放流是向公共水體人工投放水生生物苗種，主動增殖資源的活動，是國內外通行的養護水生生物資源、修復水域生態的重要措施和促進漁業增效漁民增收的有效手段。近年來，農業部和各地漁業主管部門以貫徹落實國務院《中國水生生物資源養護行動綱要》為契機，大力組織開展水生生物增殖放流活動，推動這項社會公益事業在全國范圍蓬勃發展。據統計，2007~2009年全國共投入資金11.64億元，在近海海域和內陸重要的江河湖泊增殖放流各類重要水生生物苗種636.6億尾（粒），取得了良好的生態效益、經濟效益和社會效益，增殖放流工作迎來了前所未有的大好局面。