1.配方過于龐大，難以維持質量穩定以及確定藥效的物質基礎
    目前，在國內，天然植物主要是以中草藥飼料添加劑的組分應用于畜禽生產。中草藥飼料添加劑的設計，以中獸醫理論為指導，注重整體和辨證施治，大多選用十幾種或幾十種，甚至上百種天然植物做組分，通過綜合調節動物的生理機能，發揮防病和促生長的作用。但組分過多的復方，難以維持藥效的穩定性，增加了鑒定、提取、分離活性成分的難度。使用效果不穩定，缺乏產品質量標準及檢測方法，無法確定藥效的物質基礎是制約天然植物在畜牧生產中應用的主要因素。過分相信古代秘方和民間驗方，仍然以傳統的中醫理論指導產品研發，缺少運用現代國際社會普遍認可的手段，研究和創新中醫藥，并以現代的科學知識闡述傳統的中醫藥理論，這是國內以天然植物為主的中草藥飼料添加劑難以進入
國際市場的根本原因。
    2.加工工藝落后，產品多為粗制品
    目前，作為飼料添加劑的天然植物，大多是經過簡單粉碎后直接應用的散劑。這些粗制品用量大，在全價料中的添加量大多在0.5%以上，有些達5%，甚至10%。添加量過大，降低了日糧的營養濃質，影響飼料產品的外觀特性及適口陛。此外，天然植物的有效成分受產地、采集時間及加工方法的影響，因而通過簡單加工制成的粗制品，難以進行準確的藥效評定和有效的質量控制。使用效果不穩定，制約了植物飼料添加劑在規模化畜禽生產中的推廣。
    3.資源及經濟可行性問題
    目前，開發的中草藥飼料添加劑大多是選用傳統的天然植物藥為主要原料，這些天然植物已廣泛應用人和畜禽的疾病治療。如果在生產中大量使用，勢必出現人畜爭藥的局面，造成藥源緊張和成本上升。加之，現在常用的一些天然植物，如黃茂、當歸、黨參、紅花等價格較高，造成添加劑成本過高。成本效益比是影響植物飼料添加劑應用的關鍵所在。
    4.作用機理和安全性研究還有待深入  大多數學者仍沿用傳統的中醫藥理論，研究植物飼料添加劑的作用機理，不能闡明其作用的確切機制。缺少采用現代科技手段，以傳統中醫藥理論為先導，以營養學和飼料學理論及技術為依托，分析提取天然植物的有效成份，從體內營養物質代謝，激素分泌、基因表達等方面深入探討其作用機理，尤其是從分子水平的研究至今未見報道。
    長期以來，天然植物被認為無殘留、無毒副作用及不產生抗藥性。然而，這大多是根據前人的醫療實踐經驗推斷而來，目前還缺乏系統、完整的天然植物毒理學研究資料。